应服从于企业的最高利益，其主要职责是为管理层提供咨询帮助，因此大多数情况下员工是被劝说来的，而不是自己主动前来求助。当员工的个人利益与企业的整体利益产生冲突时，作为内部EAP，要想保持客观中立的态度恐怕不那么容易。另外，心理咨询不可避免地会涉及到个人隐私，所以保密性是非常重要的方面，尽管内部EAP在这方面做了很多努力（比如将办公室设在不太引人注意的地方，独立保存咨询记录等），员工心里仍然有一定的顾虑。